Organami Komisji są Przewodniczący, Sekretarz PKA (do końca kadencji 2016-2019) oraz Prezydium. Szczegółowa informacja na temat składu PKA w danej kadencji dostępna jest tutaj.
W skład prezydium wchodzą:
1) przewodniczący;
2) sekretarz PKA;
3) przewodniczący zespołów, o których mowa w art. 254 ust. 1 pkt 1;
4) przewodniczący PSRP;
5) przedstawiciel organizacji pracodawców.